首先，次氯酸鈉消毒殺菌主要的作用方式是經過它的水解作用構成次氯酸，次氯酸再進一步合成構成重生態氧[O],重生態氧的極強氧化性使菌體和病毒的蛋白質變性，從而使病原微生物致死。依據化學測定，次氯酸鈉的水解會受pH值的影響，當pH超越9.5時就會不利于次氯酸的生成。而關于ppm級濃度的次氯酸鈉在水里簡直是完整水解成次氯酸，其效率高于99.99%.其次，次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，不只可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可浸透入菌(病毒)體內與菌(病毒)體蛋白、核酸和酶等發作氧化反響或毀壞其磷酸脫氫酶，使糖代謝失調而致細胞死亡，從而殺死病原微生物。

　　同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改動細菌和病毒體的浸透壓，使其細胞喪失活性而死亡。影響次氯酸鈉消毒殺菌作用的要素①PH:PH值對次氯酸鈉消毒殺菌作用影響大。PH值愈高，在堿性環境下次氯酸鈉以次氯酸根的形態存在，其消毒殺菌作用愈弱，PH值降低，其消毒殺菌作用加強。

　　濃度：在PH、溫度、有機物等不變的狀況下，有效氯濃度增加，殺菌作用加強。溫度：在一定范圍內，溫度的升高能加強殺菌作用，此現象在濃度較低時較明顯。有機物：有機物能耗費有效氯，降低其殺菌效能。水的硬度：水中的Ca+、Mg+等離子對次氯酸鹽溶液的殺菌作用沒有任何影響。氨和氨基化合物：在含有氨和氨基化合物的水中，游離氯的殺菌作用大大降低。